La Secretaría Técnica y Administrativa del FIEDS es un ente con personería jurídica de carácter privado sin fines de lucro, que garantiza el buen funcionamiento de las actividades financiadas por el Fondo de Contraparte y brinda apoyo y asesoría técnico/administrativa tanto al Comité Directivo como al Comité Técnico. Asegura, además, una constante supervisión y monitoreo de las actividades del Programa a fin de garantizar la debida coordinación estratégica del mismo. Está dirigida por dos Codirectores, quienes actúan de manera conjunta. La estructura de la Secretaría está conformada por:

• Una Codirección Ecuatoriana, quien asume la representación legal del FIEDS;
• Una Codirección Italiana;
• Un área administrativa y financiera;
• Un área técnica.